1. 行進流速（水平流速）
設計時必須考慮高峰流量通過MBBR時的峰值流速（流量除以反應器截面積）。行進流速較小（比如20m/h），載體就能在反應器內均勻分布。行進流速過大（比如>35m/h），載體就會堆積在截留網處，產生較大的水頭損失。有時峰值流量時的水力條件會決定MBBR的幾何尺寸和系列的數量。與廠家咨詢并確定合適的行進流速對MBBR的設計非常重要。反應器的長寬比也是一個因素。總的來說，長寬比小（比如1:1或更小）有助于減少峰值流量下載體向截留網漂移，使載體更加均勻地分布在反應器內。
2. 泡沫問題
泡沫問題在MBBR中并不常見，但啟動或運行不良時，卻容易出現。由于兩個連續池子中間的隔墻比水面高，因此泡沫會限于MBBR內。如果必須控制泡沫，建議采用消泡劑。使用消泡劑將會覆蓋載體并阻礙基質向生物膜的擴散，從而可能影響MBBR的性能。由于硅化物消泡劑與塑料載體不相容，因此不可使用此類消泡劑。
3. 載體的清床和暫存
對于設計和建造良好的移動床反應器，雖然很少出現故障，但從謹慎的角度出發，依然應考慮由于維護等原因造成反應器停產時，如何將載體移出反應器和儲存的問題。反應器內包括載體在內的所有液體，都可用10cm的凹輪漩渦泵排出。如果設計的填充比合適，則可將一個反應器內的載體暫時移到另外一個反應器。但這種方法的缺點是將載體移回時，很難把兩個反應器都恢復到原來的填充比。當把載體泵送回到反應器后，唯一精確測量載體填充比的合理方法就是把反應器放空，測量兩個反應器內的載體高度。最好的是，能有另外一個池子或其他閑置的單元可作為暫時存放載體的容器，這樣就很容易保證原來反應器的填充載體比。